Nakon smrti, Mehmed-bega Kapetanovića Ljubušaka je na mjestu gradonačelnika zamijenio Nezir Škaljić, koji će na ovoj funkciji ostati šest godina (1899–1905). Škaljić je bio pravnik, a služio je i kao predsjednik Vrhovnog suda Bosne.
Nezir Škaljić
Prije imenovanja na poziciju gradonačelnika imao je bogatu pravnu karijeru. Škaljić je bio član tročlane komisije koja je pripremala reformu pravosudnog sistema u habsburškoj okupiranoj Bosni i Hercegovini. Od jeseni 1881. do sredine 1882. živio je i radio u Beču.
Škaljić je smatran stručnjakom za islamsko i trgovačko pravo, a prethodno je bio predsjednik Vrhovnog i Privrednog suda u Sarajevu. Stoga je imao veliki utjecaj na transformaciju sudova u Bosni i Hercegovini – oni su bili novostepeni (nekoliko kotarskih sudova i jedan šef u Sarajevu) i stekli su nadležnost samo za porodično i nasljedno pravo. I sam je učestvovao u djelimičnom prijevodu Osmanskog građanskog zakonika Mecelle na bosanski jezik. Ta su rješenja kasnije usvojile druge zemlje i jurisdikcije.
Kao gradonačelnik, Škaljić je u Sarajevu pokrenuo važne radove na modernizaciji infrastrukture i izgradnji važnih objekata. To uključuje razvoj asfalta, prvo okolne Katedrale Srca Isusovog, a kasnije i cijelog grada.
Otvorio je Narodnu banju 20. jula 1902. godine. Banja je i danas u funkciji. Također, tokom Škaljićevog mandata sinagoga Aškenazi u Sarajevu konačno je završena (1902).
Škaljić je obnašao dužnost u novoizgrađenoj sarajevskoj Vijećnici, tada najvećoj i najreprezentativnijoj zgradi austrougarskog razdoblja u Sarajevu.
Bio je jedan od četiri osnivača Rijaseta Islamske zajednice BiH. Njeno stvaranje omogućilo je bošnjačku vjersku i političku emancipaciju od Osmanskog carstva.
Škaljić je umro 10. marta 1905. u 61. godini.