Kotlina je spuštena duž rasjeda koji na jugozapadnoj strani kotline ide krečnjačkim padinama Grada i Ljuna. Dalje na sjeverozapadu se nadovezuje padina i krečnjačka kosa Sredarice. Spuštanje nije izvršeno samo tim pravcem. Rasjedi su izraženi i sa suprotne, sjeveroistočne strane, kao i ispod krečnjačke Zasade na jugoistočnom dijelu kotline.
Za vrijeme jezerske faze u kotlini su taloženi jezerski sedimenti predstavljeni glinama i pjeskovima. Širi obod ove asimetrične i izdužene kotline čini prostrana i rasčlanjena krečnjačka površ čiji je nivo oko 1 000 metara. U užem smislu kotlina je omeđena kosama pretežno krečnjačkog sastava, uglavnom gornjetrijaske starosti, ali su na više mijesta zastupljeni dijabaz-rožnjaci i dr. Srodne stijene.
Fluvijalno-denudacijski agensi koji su djelovali u postjezerskoj fazi izvjesno, još od gornjeg miocena u mnogome su su preobrazili ovaj jezerski basen, odnoseći neke jezerske sedimente, te je kotlina i vertikalno rasčlanjena i poremećena. Intenzivno spiranje i erozija snijeli su jezerske sedimente i sa nekih padina i glavica, koji su morali biti pokriveni s njima u jezerskoj fazi.
Visok nivo jezerske vode omogučio je sedimentaciju na širokom području kako u današnjoj kotlini i po njenom obodu tako i na velikom prostoru južno od Rogatice. Voda ovog oligomiocenskog jezera ležala je na prostoru koji danas ograničava 800-ta izohipsa. I tu činjenicu uočio je prvi Prof. B.Ž. Milojević prilikom svog boravka u ovom kraju 1955.g.
Tako visok nivo vode u ovom basenu bitno je uticao i na kasnije formiranje doline rijeke Rakitnice. Tektonski poremećaji nisu neposredno djelovali na formiranje epigenija na sjeveroistočnom obodu kotline, nego upravo formiranje epigenija mogle su biti posljedica samo ovako visokog nivoa vode. Da bi ustanovili porijeklo epigenetskih pojava po obodu Rogatičke kotline poslužićemo se nekim činjenicama:
Rakitnica ulazi u Rogatičku kotlinu kod sela Podgaj, te je na tom dijelu obrazovano proširenje, koje djeluje kao zasebna kotlina, mada je u stvari samo dio Rogatičke kotline.
Na stranama tog proširenja, na visini od oko 700 metara zadržao se i jezerski materijal.
Jezerske naslage postoje i ispod sela guždelja, južno od sela Podgaj i to na Presedlini čija visina iznosi prosječno 650 metara.
Pored jezerskih naslaga na Presedlini postoji i jedna šljunkovita terasa koja leži na eventualnom prirodnom pravcu toka Rakitnice.
Visina krečnjačkih kosa na istoku i jugoistoku od ovog proširenja iznosi: Veliki Kom 941m, Mali Kom 808 m, kosa iznad Šene Krene 789 m itd., što znači, znatno veća od visine Presedline kod sela Guždelji.
Na ovim krečnjačkim kosama nisu primječeni jezerski sedimenti, ali su mogli biti sprati poslije jezerske faze.
Dno Podgajskog proširenja, kojim danas teče rojeka Rakitnica i u kom mijenja pravac i skreće između Velikog Koma i Malog Koma prema istoku, leži na visini od 610 do 620 metara.
Uža doline rijeke Rakitnice nije slijedila danas niže zemljište južno od ovog proširenja nego se usjekla epigenetski u više krečnjačko zemljište prema istoku.
Na osnovu položaja jezerskih naslaga i epigenetskog dijela doline, može se sa proličnom sigurnošću rekonstruisati geneza nastanka današnje doline rijeke Rakitnice. Prije jezerske faze u ovom području formirala se riječna mreža rijeke Rakitnice, usjecajući svoju dolinu u trijaskoj krečnjačkoj površi. Izvjesno, tokom oligocena došlo je do spuštanja duž pomenutih linija i obrazovanja Rogatičke kotline. Zatim dolazi do formiranja jezerskog basena i taloženja jezerskih sedimenata u vrlo živom ritmu, što se vidi iz prilično moćnih naslaga jednorodnih pijeskova i glina. Jezero prelazi okvir kotline kad nivo vode dostiže današnju apsolutnu visinu od 800 metara. Povlačenjem jezerske vode dolazi i do obrazovanja epigenija. Kasnije su sneseni mekši jezerski talozi.
Naprijed pomenuti dio dolinine Rakitnice čini dio sjevernog oboda Rogatičke kotline. Dakle, Rakitnica tekući sa sjevera ulazi u Rogatičku kotlinu kod sela Podgaj, ali ona ne teče pravo prema jugu gdje je zemljište najniže, nego iz Podgajskog proširenja skreće prema istoku. Zemljište na jugu je sastavljeno od jezerskih naslaga i visoko je oko 650 metara. Pošto je obrnula prema istoku, rijeka Rakitnica se usjekla između Komova koji su izrazito viši od Presedline kod sela guždelji. Komovi su sastavljeni od krečnjaka. Ovo epigenetsko skretanje i usjecanje u više krečnjačko zemljište prema istoku, izvršeno je istovremeno sa povlačenjem jezerakoje je dopiralo najviše do 800 metara. Kasnije su mekše jezerske naslage oko Podgaja i Guždelja odnijete fluvijalno-denudacijskim procesima i tu je stvoreno udubljenje koje je jače izraženo, ali je sastavni dio Rogatičke kotline. Ako bi pretpostavili da je neki tektonski rasjed uslovio ovo skretanje , morali bi prihvatiti isti agens i za druge epigenije koje su se obrazovale u ovom dijelu doline, što je teško prihvatiti. Naime, kad rijeka prođe sutjesku između dva Koma, ona i dalje zadržava epigenetski kkarakter, mada bi očekivali da će nastaviti svoj tok kroz niže zemljište do kog je mogla doprijeti tekući između Velikog Koma i krečnjačke kose iznad Šene Krene visoke 789 metara. Dakle prirodnije je i prihvatljivije da je riječna dolina rezultat postepenog povlačenja jezera, a ne nekog tektonskog procesa koji je predisponirao riječni tok. Ni položaj slojeva stijena u ovoj epigenetskoj sutjesci ne upućuje nas na neki tektonski proces.
Epigenetskog karaktera je i Gučevski potok pri ušću u Rakitnicu, koji se takođe usjekao u višu krečnjačku kosu kod sela Šena Krena, mjesto da je orjentisao svoj tok prema jugu, slijedeći niže kotlinsko zemljište sa jezerskim naslagama. Dolina rijeke Rakitnice i dalje je epigenetska . sve do konačnog ulaska u Rogatičku kotlinu kod sela Podplješevica. Pošto je čitav dio ovog oboda krečnjački , rijeka se usjekla u te krečnjake po inerciji svoje vertikalne erozije, koja je prethodno udubila svoje korito u jezerske naslage. Sutjeska Rakitnice u sjevernom obodu ima klisurasti izgled sve od Podgajskog proširenja do sela Podplješevica. Negdje ova sutjeska poprima iskoro kanjonasti karakter, kao što je u selu Ziličini . Strane sutjeske su strme, visike 220 metara, sa dosta sipara, ali se vegetacija održala na njima. Aluvijalna ravan sutjeske po dnu je široka mjestimično i 50do 80 metara, nasuta svim vrstama riječnog materijala , čija močnost pri ulasku u Rogatičku kotlinu iznosi oko 8 metara. U tom dijelu doline riječno korito i dalje zadržava veliki pad.
Na sjevernom dijelu oboda jezerski sedimenti su se očuvali u znatnoj mjeri čak na većim visinama. Na više mijesta, gdje seljci kopaju zemlju za gradnju, ističu se lijepi profili ovog materijala. Raznobojni slijevi tog profila upučuju nas na različito porijeklo materijala i promjenljiv intenzitet taloženja tog materijala. Takav jedan profil zapažen je na kosi kod sela Šena Krena, drugi u selu Podgaj, treći na Berhamovini kod Rogatice itd. Moćnost jezerskih naslaga svuda je velika, a zasječeni dio tih slojeva otkriva naizmjenično ređanje debljih i tanjih slojeva sasatavljenih od finijih čestica pločastih i glinenih laporaca i nešto grubljih pješćara svijetlijih i tamnijih boja, a razlikuju se slojevi koji su sastavljeni djelimično od magmatskih stijena, a često i stijena kakvih nema u neposrednoj blizini doline rijeke Rakitnice.
Posmatrajući ovaj dio doline mogu se zapaziti i neke riječne terase iz kojih je zaključeno da je u ovom prijedjelu riječna erozija povremeno oživljavala. Tako se vidi , zahvaljujući ovim riječnim terasama da je fluvijalno-denudacijska faza koja je trajala u miocenu živo djelovala i u jezerskoj ravni ove kotline. Tom prilikom rijeka je zastajala u jezerskim sedimentima na izvjesnim nivoima i izradila ove riječne terase. Rezultati tog naizmjeničnog zastajanja rijeke i oživljavanja erozije su tri nivoa terasa u Rogatičkoj kotlini. Na padinama nisu održane abrazione terase, koje su vrlo vjerovatno uništenje spiranjem, jer su trijaski krečnjaci iz kojih se padine sastoje glinoviti.
Jugozapadni i sjeverozapadni obod Rogatičke kotline čine: Zmijnica (967 m), Srednica (952 m), Obla Glava (831 m), Grad (897 m) i Ljun (875 m). Stijene ove grede su pretežno krečnjačke, a zastupljeni su i dijabaz-rožnjaci, naročito jugozapadno od ove krečnjačke grede. U dijabaz-rožnjacima su usječene kraće doline koje rasčlanjuju ovunekadašnju površ.
Različit geološki sastav uslovljava i različito tlo. Preko jezerski naslaga tlo je razvijeno i uglavnom podzolasto. Po krečnjacima po obodu leži tanji sloj crvenice, a bliže obodu, u jezerski naslagama preovladavaju crvenkasta pjeskovita glina porijeklom od crvenice na obodu. Preko jezerski naslaga nasute su i plavine na više mijesta. Najveća je kod sela Kovanj koju obrazuje i češće obnavlja bujični potok.
Sa osobinama stijena stoje u vezi i izvori, a u Rogatičkoj kotlini postojie izvori različitih tipova. Iz jezerski naslaga pojavljuju se obično slabiji izvori. Jača vrela možemo naći na dodiru krečnjaka i jezerski naslaga, a najjači izbijaju iz samih krečnjaka ili na dodiru krečnjaka i dijabaz-rožnjaca kakav je i izvor Toplik koji izvire ispod Lunja ( Hadžiibrahimovina) u samoj Rogatici. Toplik je najvjerovatnije otoka podzemnog toka koji je ranije tekao površinski što se može vidjeti posmatrajući dolinu koju je on nekad izgradio (Dolovi, Ravni Dolovi). Po ovom obodu došlo je prije jezerske faze do rasjedanja.
Istočni obod Rogatičke kotline čine ogranci pomenute trijaske površi među kojima su najvažniji: Goletica (1 011 m), Oštri Vrh (1 017 m), Strmac (1 014 m) i Zasada (992 m). I ova površ se sastoji od trijaskih krečnjaka i nije abraziona. To se vidi po tome što jezerske naslage ne dopiru do ovog nivoa. Površ je stvorena fluvijalno-denudacijskim procesima. Ona je disecirana i može se rekonstruisati jedino sudeći po visinama zaostalih dijelova i sastava zemljišta.
Zona jezrskih sedimenata pruža se prema jugoistoku u ataru sela Seljani. Ovi sedimenti se oko sela Seljana nalaze na visini oko 740 metara.Jezerske naslage su pokrivale i i krečnjačku kosu Mrku Stijenu, visoku 705 metara, kod zaseoka Gradac. U njma je usjekla sutjesku rijeka Sutjeska (Gračanica), koja je takođe epigenetska. Pred ulazom u sutjesku u Seljanima postoje takođe tri nivoa riječnih terasa koje uglavnom visinski odgovaraju pomenutim terasama u drugim dijelovima Rogatičke kotline.
I ovdje se pojavljuje nekoliko većih vrela. Jedno od njih, Voklisko i vrlo jako , daje 20 litara /sec. samo za Rogaticu (do skoro bilo glavni snadbjevač vode za Rogaticu), a 25 litara/sec. otiče slobodno. Ovo vrelo izvire u gornjem dijelu sutjeske ispod Mrke Stijene. Osim ovog vrela na istočnom obodu kotline postoji i veliki broj drugih vrela. Kod zaseoka Ovlagija u ataru sela seljani izvire i Seljanski potok, koji je vjerovatno skorašnjeg postanka. Do 1939 godine Seljanski potok je bio dio Sutjeske koja je tekla iz sela Osova, prolazeći usput kroz Osovsku i Šatorovsku udolinu, probijajući se kroz tjesnace između ovih udolina. Te godine Sutjeska je našla ponor na izlasku iz Osovske udoline i teče podzemno do izvora Seljanskog potoka. Nekad je to bio veći vodeni tok na kojem je radilo nekoliko vodenica. Međutim, zahvaljujući kraškom sastavu zemljišta ovaj tok se izgubio, a obrazovala se tipična suhodolina, kojom povremeno poteće voda pošto podor ne može da uvjek da primi svu vodu.
Dno Rogatičke kotline, kako znamo, pokriveno je jezerskim i riječnim nanosima za razliku od geološki starijeg oboda kotline. Jezerski sedimenti su različiti. Preovladavaju gline i pjeskovi. Karakterističan profil sa nekadašnjeg jezerskog dna uzet je na desnoj riječnoj terasi u Rogatici kod škole.
Šarolikost jezerskih sedimenata potiče od raznolike građe stijena nekadašnjeg slivnog područja jezera, t.j. od raznolike geološke strukture zemljišta u okolini Rogatičke kotline.
Osim jezerskih sedimenata, gline, pjeskova i drugog materijala , na dnu Rogatičke kotline postoje i neke korisne naslage kao što su ugalj i slično. Ugljeni izdanci nedaleko od rasadnika i u Markovom potoku pripadaju Rogatičkom ugljonosnom području. Ugljonosno područje kod Rogatice proteže se na dužini od 13 km, i širini 1 do 3 km. (smjer JI-SZ). Na području prostiranja ovih naslaga poznato je i nekoliko ugljenih izdanaka. Ugljeni sloj u Markovom potoku pretstavljen je ugljevitim škriljcem bez i malo uglja sposobnog za eksploataciju. Ove naslage u Markovom potoku predstavljaju ustremljenu rasjednu zonu i slojevi zaliježu 60°do 80°. Na starom turskom putu za Lepenicu, nedaleko od Rasadnika, izdanjuje jedan slabiji ugljeni sloj interkaliran u čvrsto tlo sivo-žutih lapora. Debljina im je oko 30 cm. Im nije za eksploataciju. U rogatičkom tercijarau izdanjuje više ugljenih izdanaka, ali izgleda da nemaju kontinuiteta. Na oko nisu ni malo dobrog izgleda, alim kako do danas nisu provedena rudarske istrage koje bi objasnile odnose ne može se ništa pouzdano reći.
Poslije jezerske faze u ovoj kotlini su se desila veća pomjeranja zemljišta. Jezerski slojevi su ponegdje nageti 60m°. Nagetost slojeva je različita u pojedinim dijelovima kotline i oboda, to su u pitanju više lokalni poremećaji.
Od sela Lukavac do Rogatice Rakitnica presjeca kotlinu poprečno, pri tom meandrira i pravi nekoliko ada. Neravnomjerno usjecanje rijeke u jezerskim sedimente dovelo je do stvaranja već pomenutih terasa čiji se tragovi vide u skoro u svim dijelovima kotline, a visine tih terasa su: 630m.(60), 600 m(25) i 540 m(15). Na ovim terasama se zadržao deblji sloj riječnog materijala, naročito šljunka i oblutaka koji su dobro obrađeni.
Po izlasku iz Rogatičke kotline, kod sela Zaganovića južno od Rogatice dolina rijeke Rakitnice ulazi u kanjon dužine oko 1 km